Simulasi Molecular Docking Aktivitas Antiinflamasi Rimpang Zingiber Officinale var. amarum pada Mediator Inflamasi PGD2 dan TXA2 pada Osteoarthritis

Abstract

ABSTRAK

Pendahuluan: Osteoartritis (OA) merupakan suatu penyakit sendi degeneratif dengan karakteristik kerusakan kartilago sendi. Zingiber officinale var. amarum merupakan herbal berkhasiat antiinflamasi berpotensi sebagai terapi komplementer inflamasi pada OA. Kondisi OA, kerusakan sel kondrosit memicu aktivasi proses inflamasi melalui jalur COX-2, yang menghasilkan mediator inflamasi prostaglandin D2 dan tromboxane A2. Penelitian ini ada untuk memprediksi senyawa aktif rimpang Z. officinale var. amarum yang berpotensi menghambat  PGD2 dan TXA2 melalui molecular docking.

Metode: Penelitian eksperimental one shot case study secara in silico dengan bahan 20 senyawa aktif Z. officinale var. amarum. Preparasi bahan dengan memisahkan protein target dari ligan internal dan molekul air yang telah diunduh. Docking pada protein target dari PGD2 (ID:1S2A) dan TXA2 (ID:6IIV) menggunakan aplikasi PyRX 0.8. Kemudian data hasilnya divisualisasikan pada aplikasi BIOVIA discovery studio 2020 dan analisis senyawa terpilih untuk sifat fisikokimia pada laman Swissadme.

Hasil: Penelitian ini menunjukkan bahwa protein 1S2A dan 6IIV menunjukkan hasil validasi internal dengan nilai RMSD 0,65A pada 1S2A dan 1,35A pada 6IIV valid memenuhi syarat docking. Dari 20 senyawa aktif rimpang Z. officinale var. amarum memiliki hasil senyawa [6]-Gingerdiol 3,5-diacetate, gingerdione, [10]-gingerol, Gingerdiol dapat berinteraksi terhadap sisi aktif protein 1S2A melalui ikatan hidrogen yang sama berupa Gln-222. Senyawa [6]-Dehydrogingerdione, gingerdione, [6]-paradol, gingerdiol, [6]-Shogaol, Zingerone, Geraniol, [6]-Gingerdiol 3,5-diacetate, [10]-Gingerol  teridentifikasi memiliki interaksi dengan 6IIV melalui ikatan hidrogen Gln-301 dan Thr-81. Hasil menunjukan senyawa [6]-Gingerdiol 3,5-diacetate, gingerdione, [10]-gingerol, Gingerdiol dapat berinteraksi terhadap kedua sisi aktif protein 1S2A dan 6IIV yang sama.

Simpulan: : Interaksi kompleks senyawa Z. officinale var. amarum terhadap 1S2A dan 6IIV dapat memberikan efek penghambatan terhadap PGD2 dan TXA2 yang berpotensi mengatasi inflamasi pada OA

Kata Kunci: antiinflamasi, molecular docking, osteoarthritis, PGD2, TXA2, Z. officinale var. amarum