STUDI IN SILICO : POTENSI SENYAWA AKTIF DAUN NIMBA (Azadirachta indica) SEBAGAI ANTIVIRAL TERHADAP SARS-COV-2

Abstract

ABSTRAK

Pendahuluan: Terdapat senyawa aktif yang dapat berperan sebagai anti virus pada SARS-CoV-2 salah satunya terdapat pada Daun nimba atau Azadiracta indica. RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) dan Main protease (Mpro) merupakan protein penting dalam replikasi SARS-CoV-2. Namun screening senyawa aktif yang menghambat RdRp dan Mpro terhadap SARS-CoV-2 belum dilakukan pada daun nimba sehingga perluya dilakukan penelitian ini untuk mengetahui tingkat aktivitasnya yang dilakukuan menggunakan in silico.

Metode: Penelitian menggunakan metode in silico dengan aplikasi Autodock Tools versi 1.5.6 untuk menilai

Penghambatan (inhibisi) kontanta serta eargi ikatan. Didapatkan Senyawa aktif A. indica didapatkan dari jurnal   penelitian dan database Dr. Duke sedangkan protein target RdRp (ID:7BV2) dan Mpro (ID:7NBR) didapatkan dari website Protein Data Bank dengan native ligand Remdesivir dan Boceprevir. Visualisasi ikatan residu asam amino dilakukan dengan BIOVIA Discovery Studio sedangkan pada uji prediksi menggunakan fisikokimia, farmakokinetik dan toksisitas dengan pkCSM.

Hasil: Daun nimba memiliki senyawa aktif dengan afinitas terbaik terhadap RdRp yaitu Quecitrin (ΔG-5,70 kkal/mol, 66,77μM, 80%), Myricetin (ΔG-5,82 kkal/mol, 54,56μM, 20%), Hyperoside (ΔG-5,75 kkal/mol, 61,16 μM, 20%), dan Isomargolonone (ΔG-6,41 kkal/mol, 20,08 μM, 20%). Sedangkan yang memiliki afinitas terbaik terhadap Mpro yaitu Rutin (ΔG-7,68 kkal/mol, 2,34μM, 55,6%), Hyperoside (ΔG-7,06 kkal/mol, 6,71μM, 44,4%), Quercitrin (ΔG-8,17 kkal/mo, 1,02 μM, 33,3%) dan Isomargolonone (ΔG-7,75 kkal/mol, 2,10μM, 33,3%). Hasil pkCSM menunjukkan bahwa Myricetin dan Isomargolonone memenuhi kriteria Lipinski dan ADMET.

Kesimpulan: Senyawa aktif daun Quercitrin, Myricetin, Hyperoside, Rutin dan Isomargolonone memiliki potensi    sebagai antivirus dalam mencegah replikasi atau penggandaan SARS-CoV-2.

Kata Kunci : Antiviral; SARS-CoV-2; COVID-19 ; Azadirachta indica; metode in silico; RdRp; Mpro.