POTENSI SENYAWA AKTIF DAUN NIMBA (Azadirachta indica) SEBAGAI ANTICOVID-19 SECARA IN SILICO

Abstract

ABSTRAK

Pendahuluan: Spike protein diketahui berperan penting dalam masuknya virus ke dalam sel host. Spike protein

akan diaktifkan oleh TMPRSS2 untuk dapat berikatan dengan reseptor Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE-2).

A. indica diketahui mengandung banyak senyawa aktif yang memiliki potensi sebagai antiviral. Namun screening untuk daun nimba sebagai antiviral untuk COVID-19 belum pernah dilakukan. Pada penelitian ini bertujuan untuk menganalisa potensi senyawa aktif daun nimba sebagai antiviral terhadap spike protein dan TMPRSS2 dalam mencegah perlekatan SARS-CoV-2 secara in silico.

Metode: Penelitian dilakukan dengan metode komputasional (docking) menggunakan Autodock Tools. Validasi metode docking dengan nilai RMSD (root mean square deviation) £ 2Å. Parameter potensi senyawa aktif A. indica dalam mencegah perlekatan spike protein dan TMPRSS2 adalah energi bebas dan residu asam amino. selain itu juga diprediksi sifat fisikokimia, profil farmakokinetik dan toksisitas menggunakan pkCSM.

Hasil: Senyawa terbaik yang dilihat berdasarkan nilai energi bebas dan prensentase kemiripan residu asam amino dan kesamaan ikatan hidrogen terhadap spike protein yaitu quercetin (∆G -6.9 kkal/mol, 60%, 100%). Quercetin memenuhi kriteria lipinski dan parameter ADMET serta tidak bersifat toksik. Senyawa terbaik yang dilihat berdasarkan nilai energi bebas dan prensentase kemiripan residu asam amino terhadap TMPRSS2 yaitu nimbin (∆G -8.8 kkal/mol, 27%, 0%). Nimbin memenuhi kriteria Lipinski namun memiliki nilai VDSS yang rendah sehingga diduga kurang dapat berdistribusi dengan baik.

Kesimpulan: Senyawa aktif quercetin memiliki potensi sebagai anticovid-19 dengan mencegah proses perlekatan spike protein.

Kata Kunci : Antiviral; COVID-19; Azadirachta indica; SARS-CoV-2, in silico