STUDI PENAMBATAN MOLEKULER SENYAWA AKTIF DAUN UBI JALAR UNGU (Ipomoea batatas L.) TERHADAP RESEPTOR GLUTATHIONE S-TRANSFERASE DAN GLUTATHIONE PEROXIDASE
Abstract
ABSTRAK
Pendahuluan: Peningkatan reactive oxygen species (ROS) dapat mengganggu keseimbangan redoks dan mendorong perkembangan berbagai penyakit degeneratif. Glutathione S-Transferase (GST) dan Glutathione Peroxidase (GPx) melindungi sel melalui mekanisme detoksifikasi serta pengendalian stres oksidatif. Daun ubi jalar ungu (Ipomoea batatas L.) mengandung senyawa aktif yang berpotensi mendukung aktivitas antioksidan alami.
Metode: Penelitian ini menerapkan molecular docking secara in silico menggunakan AutoDock Vina pada GST dengan PDB ID 18GS dan GPx dengan PDB ID 6HKQ. Sebanyak 25 senyawa yang teridentifikasi melalui analisis GC-MS ekstrak daun ubi jalar ungu digunakan sebagai ligan uji. Setiap senyawa dibandingkan dengan native ligand pada reseptor yang sama. Validasi prosedur dilakukan melalui redocking dan penilaian nilai RMSD.
Hasil dan Pembahasan: Redocking menghasilkan RMSD 1,950 Å untuk 18GS dan 1,665 Å untuk 6HKQ. Kedua nilai tersebut memenuhi batas validitas RMSD ≤ 2,0 Å. Pada GST, Cholesta-22,24-dien-5-ol,4,4-dimethyl-memberikan binding affinity paling negatif sebesar -9,394 kkal/mol dibandingkan native ligand sebesar -6,645 kkal/mol, tetapi tidak menunjukkan kesamaan residu. Pada GPx, Ethyl iso-allocholate menghasilkan binding affinity terendah sebesar -4,579 kkal/mol. Diepicedrene-1-oxide menunjukkan similarity 100% terhadap residu interaksi native ligand.
Simpulan: Senyawa aktif yang teridentifikasi dalam daun ubi jalar ungu mampu berinteraksi dengan GST dan GPx berdasarkan simulasi in silico. Cholesta-22,24-dien-5-ol,4,4-dimethyl- memiliki afinitas paling kuat dalam keseluruhan hasil docking. Temuan ini mendukung penetapan prioritas senyawa untuk penelitian lanjutan, tetapi konfirmasi eksperimental tetap diperlukan sebelum senyawa tersebut dinilai sebagai kandidat antioksidan bahan alam.
Kata Kunci: Antioxidant, Glutathione S-Transferase, Glutathione Peroxidase, In Silico, Ipomoea batatas L., Molecular docking.
Pendahuluan: Peningkatan reactive oxygen species (ROS) dapat mengganggu keseimbangan redoks dan mendorong perkembangan berbagai penyakit degeneratif. Glutathione S-Transferase (GST) dan Glutathione Peroxidase (GPx) melindungi sel melalui mekanisme detoksifikasi serta pengendalian stres oksidatif. Daun ubi jalar ungu (Ipomoea batatas L.) mengandung senyawa aktif yang berpotensi mendukung aktivitas antioksidan alami.
Metode: Penelitian ini menerapkan molecular docking secara in silico menggunakan AutoDock Vina pada GST dengan PDB ID 18GS dan GPx dengan PDB ID 6HKQ. Sebanyak 25 senyawa yang teridentifikasi melalui analisis GC-MS ekstrak daun ubi jalar ungu digunakan sebagai ligan uji. Setiap senyawa dibandingkan dengan native ligand pada reseptor yang sama. Validasi prosedur dilakukan melalui redocking dan penilaian nilai RMSD.
Hasil dan Pembahasan: Redocking menghasilkan RMSD 1,950 Å untuk 18GS dan 1,665 Å untuk 6HKQ. Kedua nilai tersebut memenuhi batas validitas RMSD ≤ 2,0 Å. Pada GST, Cholesta-22,24-dien-5-ol,4,4-dimethyl-memberikan binding affinity paling negatif sebesar -9,394 kkal/mol dibandingkan native ligand sebesar -6,645 kkal/mol, tetapi tidak menunjukkan kesamaan residu. Pada GPx, Ethyl iso-allocholate menghasilkan binding affinity terendah sebesar -4,579 kkal/mol. Diepicedrene-1-oxide menunjukkan similarity 100% terhadap residu interaksi native ligand.
Simpulan: Senyawa aktif yang teridentifikasi dalam daun ubi jalar ungu mampu berinteraksi dengan GST dan GPx berdasarkan simulasi in silico. Cholesta-22,24-dien-5-ol,4,4-dimethyl- memiliki afinitas paling kuat dalam keseluruhan hasil docking. Temuan ini mendukung penetapan prioritas senyawa untuk penelitian lanjutan, tetapi konfirmasi eksperimental tetap diperlukan sebelum senyawa tersebut dinilai sebagai kandidat antioksidan bahan alam.
Kata Kunci: Antioxidant, Glutathione S-Transferase, Glutathione Peroxidase, In Silico, Ipomoea batatas L., Molecular docking.
Full Text:
PDFRefbacks
- There are currently no refbacks.