UJI IN SILICO: AKTIVITAS ANTIBAKTERI SENYAWA AKTIF Gracilaria verrucosa TERHADAP Staphylococcus aureus

Abstract

ABSTRAK

Pendahuluan : Jumlah kasus resistensi antibiotik S.aureus pada IRNA Kulit dan kelamin RSUD Dr. Soetomo Surabaya sebesar (75%). sehingga dilakukan pencarian antibiotik baru. G.verrucosa merupakan alga merah yang diketahui mengandung senyawa aktif turunan asam lemak yang memiliki aktifitas sebagai antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai energi afinitas senyawa aktif G.verrucosa terhadap PBP2a yang menjadi target antibiotik beta-lactam dan Vancomycin menjadi terapi utama pada infeksi yang disebabkan MRSA PBP2a secara In Silico.

Metode : Uji In silico dilakukan docking pada 25 senyawa asam lemak G.verrucosa yang sebelumya diidentifikasi memiliki aktifitas antibakteri secara in-vitro, kemudian dilakukan penambatan terhadap protein  PBP2a menggunakan software molecular docking server dengan kontrol Amoxicllin dan Vancomysin. Serta prediksi sifat fisikokimia (Lipinski Rule of Five) dan profil farmakokinetik dengan parameter ADMET melalui software pkCSM online tools.

Hasil : Senyawa turunan asam lemak Gracilaria verrucosa tidak memiliki energi bebas yang lebih kecil dibandingkan dengan Amoxicillin dan Vancomycin. Senyawa aktif yang memiliki konstanta inhibisi paling baik adalah Asam Palmitat, Asam Arakidonat, i-Dodecin, Pentadecane, Eicosane, 1-Chloro-octadecane, Eicosanoic acid, Heneicosanoic acid, Tetracosanoic acid, (Z)-15-Tetracosenoic acid (nervonic acid) (C24  1). Senyawa  Gracilaria verrucosa yang memiliki ikatan polar ASN32  yang sama dengan Amoxicillin yaitu Benzaldehyde dimethyl acetate, (Z, Z)-11,14-Eicosadienoic acid, N-Phenethyl – acetamide, Palatinol IC [1,2-benzene dicarboxylic acid, di-(2-methylpropyl) ester].Hasil prediksi fisikokimia semua senyawa aktif G.verrucosa memenuhi Lipinski rule of five, terdapat enam senyawa yang dapat menembus Blood brain barrier.sebanyak sembilan belas senyawa aktif tidak memiliki efek hepatotoksik.  

Kesimpulan : Senyawa aktif G.verrucosa tidak berpotensi sebagai antibiotik

KataKunci : Gracilaria Verrucosa, Amoxicillin, Penicillin Binding Protein (PBP2a), ADMET, INSILICO